Hunter-nin  są to shinobi, którzy mają za zadanie odnalezienie, zamordowanie i pozbycie się ciał zbiegłych missing-ninów (zwykle nie mają oni woli powrotu do wioski). Zadanie to ułatwia im specjalne przygotowanie obejmujące perfekcyjną znajomość ludzkiego ciała (w przeciwieństwie do medic-ninów pomaga im ona w zabijaniu). Ciała zwykle są palone lub pozostawiane na pożarcie drapieżnym ptakom.

Listy missing-ninów danej wioski są regularnie przesyłane hunter-ninom ANBU pozostałych osad w celu ich natychmiastowego zlikwidowania (istnieje jednak wtedy niebezpieczeństwo przejęcia informacji).