Akatsuki - Tworzą ją shinobi, uważani za najniebezpieczniejszych ninja na świecie. Jej głównym celem jest schwytanie wszystkich bijū (dosł. ogoniastych demonów) i ich późniejsze wykorzystanie dla własnych celów.
Celem Akatsuki jest dominacja nad światem. Aby to osiągnąć Pain opracował plan, składający się z trzech etapów:
1.Zebranie funduszy potrzebnych na utrzymanie organizacji.
2.Złapanie wszystkich bijū.
3.Wykorzystanie zdobytych pieniędzy i utworzenie pierwszej w świecie shinobi „Najemnej Organizacji Wojennej” niezależnej od żadnej z wiosek ninja, która byłaby konkurencyjna względem nich. Oferta kierowana byłaby głównie do mniejszych państw i osad. Początkowo, aby zebrać pieniądze i wyrobić sobie odpowiednią opinie organizacja będzie przyjmować wszystkie zgłoszenia za niewielkie wynagrodzenie. Aby była ona stale niezbędna, większe konflikty będzie wywołać za pomocą kontrolowanych przez siebie bijū. W ten sposób system „wiosek ninja” załamałby się, straciły by one swoje znaczenie, a wraz z nimi państwa, w których się one znajdują, co pozwoliłoby na supremację Akatsuki.

Pain ma także inny plan: zebrać wszystkie bestie i stworzyć z nich ostateczną technikę, którą będzie sprzedawał innym krajom jako broń masowego rażenia. Plan różni się od poprzedniego zamiarem ludobójstwa, aby pozostałą część ludzkości trzymać w strachu. Poprzez spowodowanie bólu, jakiego on sam doświadczył chce wskazać bezsens prowadzonych wojen.